さくらスタンダードで文字化け

お世話になります。

さきほど、baserCMSをさくらインターネットのスタンダードに設置致しました。
特にインストール作業等は問題なかったのですが、サイト基本設定のサイト名・サイトタイトル等文字化けしており、おそらくサーバーの文字コードが原因ということで、php.iniを作成、mbstring.internal_encoding = utf-8とし、一旦は解決をいたしました。

しかし、スマートURLをオンにしたところ、文字化けに再び襲われました。

恐らく、php.iniが反映されていないから、だと思うのですがなぜスマートURLをONにするとダメなのか、ちょっと知識不足で判りません。

ご存知の方がおりましたら対策方法を是非教えてください。

■ BaserCMSのバージョン：2.1.1
■ レンタルサーバー名：さくらインターネット（スタンダード）
■ スマートURLの利用：　ON
■ 設置フォルダ：　マルチドメインのドキュメントルート
■ 利用しているデータベース：　SQLite
■ PHPスキル（自己評価）：　C？

Rewriteの設定を弄ってもイマイチ、直らなかったのでお手上げだったのですがふと、php.iniをルートではなくapp/webrootに置いてみたところ無事反映いたしました。

なんだか拍子抜けしましたが、同じような環境の方がおりましたら試してみてください。

・さくらインターネット管理画面のphp.iniを触れない状況（マルチドメイン）
・データベースを使えない状況、またはSQLiteを使用したい場合

特殊な環境だとは、思いますが・・