ver 2.1.1 テーマ内のdemoなどがサーバー上から削除できなくなる

不具合と思われる現象に遭遇しましたので、投稿させて頂きます。

●利用サーバー：カゴヤの共用サーバー、パーソナルプラン
●OS：Linux Mint 14
●FTP：FileZilla
●baser ver ：2.1.1

カゴヤの共用サーバー、パーソナルプランにて
basercmas 2.1.1を導入したところ、「themed」フォルダ内の「demo」などのディレクトリ、ファイルなどパーミション変更が不可となる現象が起きました。
FTPクライアントによる上書き、削除も受け付けない状況です。

削除のできないディレクトリ、ファイルのファイルパーミッションは、
demo 755
pages 755
index.php 666

と、なっていますが、こちらのパーミッション変更、削除、上書き等ができない状況です。

オーナー／グループ権限に問題があるのか確認しましたが、こちら、Linux mint 14 filezillaの環境では99 99と表示されいます。
こちら、Linuxでは権限不明の時などに表示されているように思うのですが、過去のverではこの表記で問題なく、削除、変更など行うことができました。
削除可能であることを確認したバージョンは、2.0.5.1と、2.1.0です。

basercmsの解凍はLinux mint上で行なっているため、この段階で問題がある可能性もあるのですが、現状検証できておりません。

ごく限られた現象かもしれませんが、私の環境では3回、アップ、インストールを行い確認しましたが、同じ状況が再現されたので、何かしら問題があるのではないかと思い、
ご報告させていただきました。