index.phpやCSSのパスが通らずインストールができません。

お世話になります。

BaserCMS4.0.1以降での質問です。

現在のサーバーは独自ドメインを使用しない場合、http://server.jp/~ユーザー名/
のようにユーザーディレクトリ名の前にチルダの入るURLとなっております。
このチルダが原因なのかもしれませんが、ファイルのアップ後にURLを開くとスタイルの無いページが表示されてしまい、cssだけでなくindex.phpパスも通っておらずインストールすることができません。
※添付ファイル参照

ちなみに独自ドメインを取得して仮にhttp://ユーザー名.jp/
というURLで接続した場合は、ドキュメントルートでもサブディレクトリでも問題なくインストールできています。

baserCMS4系からはスマートURLがONになっているとのことで、htaccessか何かパスに関わる設定を変える必要があるのだと思いますが、その設定にお心当たりがありましたらアドバイス頂けないでしょうか。
一応、SSHでApacheのhttpd.conf等の設定を変更することも可能です。

何卒宜しくお願いいたします。



■ BaserCMSのバージョン：4.0.1以降
■ スマートURLの利用：　ON
■ 設置フォルダ：　ドキュメントルート・サブフォルダの両方
■ 利用しているデータベース：MySQL
■ PHPスキル（自己評価）：E

■ OSの種類：（例）centOS6系
■ PHPのバージョン：PHP Version 5.6.26
■ データベース種類・バージョン：不明