スマートURLオン（.htaccessがサーバー上にある）の場合、サーバーのコントロールパネルにログインできない

■ BaserCMSのバージョン：2.0.5.1
■ レンタルサーバー名：ラピッドサイト VPS-S
■ スマートURLの利用：[ON]
■ 設置フォルダ：[ドキュメントルート]
■ 利用しているデータベース：[MySQL]
■ PHPスキル（自己評価）：[全くわからない]

いつも参考にさせていただいております。
今回ご質問させていただく内容は、私なりに過去の記事を
検索したのですが、どうしても見つけきれませんでしたので、
投稿させていただきました。お分かりになる方いらっしゃいましたら、
教えていただけるととても助かります。

現在、サーバーはラピッドサイト VPS-Sを使用しており、
BaserCMSを使用したページも問題なく運営出来ております。

問題なのが、スマートURLをオンにしている関係だと思うのですが、
ラピッドサイトのサーバーのコントロールパネルにログインしようとすると

404 NOT FOUND
エラー : リクエストされたアドレス '/ControlPanel/' はこのサーバにありませんでした。

というメッセージが表示されます。

サーバーのコントロールパネルのURLは
「http://BaserCMSを使用したホームページと同じドメイン名/ControlPanel/」
です。

webrootに設置した「.htaccess」を一旦削除すれば、
スマートURLは完全に無効になりますので、サーバーのコントロールパネルに
ログインできるのですが、その間ホームページのトップページ以外は当然
スマートURLが無効になっている関係で表示されません。

このような状態は本来望ましくないので、何か良い方法がないかと検索しても
見つけきれず、困り果てているところです。
もしかしたら「.htaccess」の記述の質問ということになるのかもしれませんが、
何卒宜しくお願いいたします。