ロリポップで独自ドメインを設定したらエラーページになる

■ BaserCMSのバージョン：2.0.5.1
■ レンタルサーバー名：ロリポップ　コロリポプラン
■ スマートURLの利用：　ON
■ 設置フォルダ：　サブフォルダ（cms1という名前です）
■ 利用しているデータベース：　/ SQLite /
■ PHPスキル（自己評価）：　ちょっと追加編集する程度は可能な初心者

はじめまして、cup1です。よろしくお願いします。
このたびロリポップにてBaserCMSをかんたんインストールで導入し、無事にインストールも完了してページを編集し、いざ独自ドメインで見られるようにしようとしたら500 Internal Server Errorになってしまいました。
独自ドメインのサブフォルダの設定には「cms1」と「cms1/app/webroot」を両方試してみましたがどちらもダメでした。
また、サブドメインの設定でも試しましたが同じでした。
何か根本的に間違っているのか、原因がわかりませんでしたのでこちらで質問させていただくことにしました。
どうぞよろしくお願いします。

投稿者です。さきほど設置フォルダとapp/webrootの
.htaccess内の表記から以下のように「cms1」を削除したところ　
RewriteBase /
RewriteBase /app/webroot

ちゃんと表示されるようになりました。
ただ、事前にアップローダーであげていた画像のURLからcms1を削除しなくてはいけなくなったのと
管理ページのアドレスが独自ドメイン経由でしか入れなくなりました。
http://mysite.com/admin　のような感じ

以上今後のユーザーのためにも報告しておきます。
ありがとうございました。

なお、もっと正しく設定できるようでしたら教えていただけるとありがたいです。