Re: サーバ環境について

こんにちは。横槍失礼します。

次のページの「ドキュメントルートに通常どおり、htmlファイルなどを配置したい場合」を参考に、
フォルダ構成を変更してみてはいかがでしょうか？
http://basercms.net/manuals/2/base/1.html

通常構成の場合、ご存知のとおり、２つの.htaccess を読み込む事になります。
フォルダ構成を変更した場合、設置フォルダ直下の.htaccessだけを読む事となりますので、
原因の特定がしやすくなるかもしれません。