Re: ThemeConfig.phpをテーマに内包したいです

こちらは、V（View）に該当するので、理屈の上では・・・
/app/webroot/theme/テーマフォルダ/Helper/BcBaserHelper.php
というように、テーマフォルダ直下に「Helper」フォルダを作成した上、中にヘルパーファイルを放り込めばOKではないかと思います。

テーマフォルダ内にあるファイルで機能の追加

できたら面白いとは思うのですが、本来的な役割分担でいくと、機能追加はテーマではなく、プラグインを作成することが想定されていると思います。