さくらレンタルサーバーで3.0.8のインストールが出来ない

旧バージョン（3.0.2）から使用していますが、今回のバージョンは新規インストール画面がサーバーエラー　500 Internal Server Error　になります。
いままでさくらで独自ドメインを設定して新規インストールは問題ありませんでしたが、今回のバージョンは500サーバーエラーになってしまいます。

/home/xxxxx/www/baser 「baser」にbaserCMSのapp libと各ファイルをアップロードして「baser」に独自ドメイン設定をしてます。
いままではこれで独自ドメインにアクセスすれば新規インストール出来ていました。

ですが、さくらのドメイン xxxxx.sakura.ne.jp/baser でアクセスするとインストールは出来るみたいです。
このままインストールして管理画面のシステム管理のWebサイトURLを独自ドメインに変更しても独自ドメインでは500サーバーエラーのままです。

以前のバージョンと見比べてみると.htaccess の内容が違うようなのですが。

さくらの場合、事前設定が必要でしょうか？