1つのサーバーに複数サイトをインストールしたら不具合多発

使用サーバーはコアサーバープランCORE-A
複数ドメインを取得し、サイトを運営しています。
うち３つのドメインのドキュメントルートにbaserをインストールしました。（仮にA・B・Cとします）
各サイトとも別のデータベース（MySQL）を設定してインストールしました。

A・Bサイトにbaser（4.0.6）をインストールしをしばらく運営後、Cサイトにbaser（3.0.12　使いたいテンプレートに対応しているバージョン）をインストールし編集していたら下記のような現象がおきました。

Aサイト
・サイトURLにアクセスするとヘッダーのみ表示
・baserログイン画面が真っ白

Bサイト
・サイトの内容がCの内容に上書きされていたので再インストール後、サイトは正常に表示される
・baserログイン画面は正常に表示されるがアカウントとパスワードがはじかれる

Cサイト
・正常

漠然とデータベースが原因のような気がするのでコアサーバーで設定したデータベースをキャプチャしました。
考えられる原因がわかれば、とにかくやってみます。
お力を貸してください。

自己のスキル
HTMLスキル　中級
PHPスキル　初心者
サーバー・データベース　初心者