baserCMSを本サイトにアップする方法

基本的な質問です。まだbaserCMSを使ったサイトはできておりませんが、いずれ出来た場合、お客様の「既存の静的サイト」からbaserCMSに切り替えようと考えております。その際、不具合なく移行させたいのですが、方法としての手順はどこか
ありますか？
今はbasercmsというフォルダの中に、appフォルダ、baserフォルダ、cakeフォルダ、等があり、さらに奥のwebrootフォルダのthemedの中で作っています。basecmsフォルダごと既存のサイトフォルダに入れてしまうだけではいけない気がしますが・・・

拙い書き方で申し訳ありませんがご教示の程お願い致します。