サーバー移転が上手く出来ません。

【baserCMSの別環境への移設】を参考にして、ブログを移転しました。
データベース、テーマ設定をして、ダウンロードしておいたブログのデータのdatabase.phpを修正して全てアップロードしたのですが反映されません。
考えられることは、移設先のロリポップサーバーでの独自ドメインの仕様ではないかと思います。
複数のドメインで利用しているのですが、この場合、各ドメインに使用するためのフォルダを作成して、その中にアップロードするようになっています。
上手く説明できず申し訳ありませんが、FTPではドメインのフォルダをあり、更にその中にフォルダがあって、そのフォルダがbasercmsの設置ディレクトリになっています。
一つフォルダがあることで、database.phpのデータベース環境設定も変わるのではないかと思っていますが、どのように修正すれば良いかがわかりません。
ロリポップ側では解決出来ませんでしたので質問させていただきました。
どなたか、ご教授ください。