バックアップ方法について

「システム設定」-「データメンテナンス」-「データのバックアップ」でデータベースのデータをバックアップできることは分るのですが、では、全体を（リストア可能な状態で）バックアップするにはどのようにしたらいいのでしょうか？
FTPで全てのフォルダーをバックアップしておけばいいのでしょうか？