スマートURLについて .htaccess

初心者ですが、有難く使わせて頂いています。
質問ですが、スマートURLをオンにすると
サブドメインのほうが　500Internal Server Error
となってしまいます。

原因は
htaccessに
RewriteEngine on
RewriteBase /app/webroot
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
これや
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]

これだというのまではわかったんですが
メインドメインでスマートURL使いながら
サブドメインも今まで通り使うにはどうしたらいいでしょうか？

htaccessの中にある
マルチドメインの場合は、マルチドメインの設定フォルダを設定値に
# 付け加えるうまくいく事が多いようです。
#
# （例）マルチドメインのフォルダが「test」の場合
# RewriteBase /test/app/webroot

これがヒントかなと思ったんですが
いまいちよくわかりません

よろしくお願いします。