Re: 管理画面からのリンクが全てNot Foundになる

引用：
そうですね。サイトがhttpsで見られるように対応されているのであれば、BcEnv.sslUrlはhttps始まりで記述してください。
また、システム管理でオプションを押して表示される「管理画面SSL設定」で「SSL通信を利用する」の方を選択した状態にしてください（添付画像をご参考ください）。

これらの変更でサーバーキャッシュ削除が正常に動作するようになるかは分かりませんが、ひとまずお試しください。