baserCMS3.0.1フォルダ内の特定のフォルダで(perl)cgiを稼働させたい

お世話になっております。

お陰様で、BaserCMS3.0.1がcore-miniサーバーへ正常にインストールでき、
おまけに、スマートＵＲＬでも使えるようになりました。

環境は次の通りです。
coreserver(core miniです。)
baserCMS3.0.1
PHP　5.2（インストール時に表示された、現在のPHPバージョン 5.3.27）
MySQL　5.1.22-rc
PHPセーフモードはoff

今回の質問ですが、
次のようにBaserCMSをインストールしてあるドメイン内の特定ふぉるだでのcgiプログラムを稼働させたいのですが、動きません。
http://MyBaserCMS3.0.1/

baserCMS2.1.2の時には、
問題なく、perlプログラムが動きました。
（PHPのバージョンは、確認したところ5.2.5でした。）

また、baserCMS2.1.2で動いている
http://Myドメイン/　トップページに読み込んでいる（perl）cgiカウンターも問題なく稼働。

今回の、baserCMS3.0.1では、最初は全く表示されませんでしたが、
試行錯誤の結果、別ドメインに設置したカウンタcgiであれば、
トップページに読み込めるようになりました。

同フォルダ内の特定フォルダに置いてあるCGIプログラムを動かすためには、どうすれば良いでしょうか？

できれば、baserCMS2.1.2の時のように、CGIプログラムが動かせるとありがたいです。

尚、
http://MyBaserCMS3.0.1/..htaccess の冒頭には、次の通り、記述してあります。



baserCMS2.1.2の方は、

と記述してありましたので、今回のbaserCMS3.0.1も、一端、２系と同様にしてたところ、エラーにもならず動いていましたが、ページによってはエラーになるのと、やはり、cgiを置いてあるフォルダへはアクセスできなかったので、元の記述に戻しました。

以上の件、おわかりの方がいらっしゃいましたら、どうぞよろしくお願い致します。

お世話になっております。

自己解決しましたので、ご報告させていただきます。

現在、テスト稼働中の、

http://MyBaserCMS3.0.1/

では、スマートURLがONの状態ですので、

動かしたいcgiプログラムを/app/webroot/フォルダ内へ入れてしまえば、動くのでした(^_^;)

スマートURLが生きているので、たとえば、次のようなperlプログラムは、
通常のパーミッションの設定だけで動きます。

Myドメイン（baserCMS）のテーマ内 Layouts/default.php　または、Elements/header.php 等へ、カウンタ挿入用の一文を書けば、カウンタも表示されます。
（phpのプログラム探せば良いのでしょうけれど。）

実際のパスは。。。
public_html/Myドメイン/app/webroot/count/count.cgi

見た目のURLは、このようになります。
http://MyBaserCMS3.0.1/count/count.cgi

これまでの、
baserCMS2.1.2では、Myドメイン直下にcgiフォルダを設置しても動いたのに。。。と思っていたのですが、
２系ではスマートURLはOFFで使用していました。

肝心なところを見落としていました(^_^;)

以上、ご報告させていただきます。

また、お世話になることもあると思いますが、どうぞよろしくお願い致します。