テーマレベルでAppControllerのsetMessage()で出力されるclass名を変更できないですか？

appの下のcontrollerの下にAppControllerを設置し、
setMessage関数を上書きすればclass名が書き換えられるのはわかっているのですが、
これをテーマの中で上書きはやっぱりロード順番を考えると無理ですか？

bootstrap3対応テーマを作っているのですが、alert alertt-warningと出力したいけどできないのです。
theme配下もしくはplugin配下でクラスをのっとれる方法があれば教えてほしいです。

よろしくお願いします

自己解決というわけではないですが、単純にsetMessageの中のclassを変えてしまうと、adminと共用しているのでadmin側に影響がでると言うことに気づいてしまいました。
多分もっと色々ちゃんと手を入れないと動かない気がするので一度実装方法を考え直します。