1.5.9 からのバージョンアップについて

初めて書き込みいたします。
テスト用に前任者が1.5.9のバージョンでサイトを構築していたので、
最新バージョン(1.6.6)にアップしようと以下の作業を行いました。
サイト等で、直接1.5.9から1.6.6にはアップできないと記述がありましたので、
1.5.9 → 1.6.0
1.6.0 → 1.6.6
と２回に分けてアップを考えていましたが、1.6.0にアップした時点で、
BaserCMSのトップページでエラーが発生しました。

手順は、サイトに記述があるように、
1)1.6.0 を解凍し、公開webホルダのbaser にコピーしました。
2)管理者画面にてログインし、「アップデートが〜〜」のメッセージ内にある
　リンクをクリックしました。
3)データベースをバックアップ→ローカルPCに保存。
4)アップデートを実行。
5)実行状況が表示され、特にエラーもなくアップデートが完了しました。のメッセージが
　表示されました。
6)表示されているリンクから、管理画面に遷移し、一通りデータが格納されている事を確認しました。
7)トップページを表示すると、画面の途中に
「404 NOT FOUND エラー : リクエストされたアドレス '/' はこのサーバにありませんでした。 」
が、表示されます。
アップデートするまでは、問題なく表示されていたのですが、何か原因があるのでしょうか。
それともアップデートの仕方に間違いがあるのでしょうか。
＜Server情報＞------------------------------------------------
■ BaserCMS 1.5.9 → 1.6.0 変更中の出来事。
■ サーバ　独自サーバ
■ スマートURL ON
■ 設置フォルダ：　ドキュメントルート/baser/ → http://192.168.xxx.xxx/baser/
■ DataBase ： SQLite 3
■ Server OS ：Redhat Enterprose Linux 4.8 ES
■ PHP ：5.2.14
■ webSerer ： apache 2.0.52-41

※先日、色々とアドバイスいただいておりました「nasca」が試行錯誤していた環境の
　システム管理者です。
アップデート時は、忘れてBASIC認証下でのアップデートを行ってしまい、
画面表示がおかしくなった時点で、BASIC認証をはずしましたが、トップ画面の表示は
変わりませんでした。

よろしくお願いします。

リリースノートを見ると、1.6.0では、URLの扱いが変わっているみたいですね。

トップページの名称が index.html となっているのであれば、拡張子を外した index に変更してあげるとなおるかもです。

ｎｏｎ様
レスありがとうございます。
ご連絡が遅くなり申し訳ありません。

社にようやく戻り、フォーラムを確認し、管理画面から
トップページを確認するために「ページ管理」を開きました。
と、ページがなくなっている？
インストールログを確認したら、（以下、ログ）
[20] => ----- bc_pages のデータを更新します。 -----
[21] => * 別テーマの /index.html の削除に成功しました。
[22] => * 別テーマの /about.html の削除に成功しました。
[23] => * 別テーマの /service.html の削除に成功しました。
[24] => * 別テーマの /service.html の削除に成功しました。
[25] => * 別テーマの /photo20100408.html の削除に成功しました。
[26] => * 別テーマの /sports.html の削除に成功しました。
[27] => * 別テーマの /keieikanri/netsdata.html の削除に成功しました。
[28] => * 別テーマの /syain.html の削除に成功しました。
[29] => * 別テーマの /books.html の削除に成功しました。
[30] => * 別テーマの /books2007.html の削除に成功しました。
[31] => * 別テーマの /books2008.html の削除に成功しました。
[32] => * 別テーマの /books2009.html の削除に成功しました。
[33] => * 別テーマの /manager.html の削除に成功しました。
[34] => * 別テーマの /committee.html の削除に成功しました。
[35] => * 別テーマの /club.html の削除に成功しました。
[36] => * 別テーマの /index.html の削除に成功しました。
[37] => * 別テーマの //keieikanri/indexcopy.html の削除に成功しました。
と、ことごとく、削除されていました。
※インストール時には見落としていました。
最後の「完了しました」の文言でＯＫと判断していました。

今回、デフォルト以外のテーマを作成し、運用していたのですが、バージョンアップで消えてしまうのもなのでしょうか？
それとも、もともと1.5.9では、別テーマで作成することは認められていなかったのでしょうか。
また、バックアップしているSQLITEから新しいSQLITEにデータを移行することは可能でしょうか。

一番簡単な復旧方法を探したいと思っています。
お知恵を貸してください。

ページ機能用のテンプレートファイルが削除されても、データベース上にデータが残っていれば簡単に復元が可能です。

システム設定より、一旦テーマを別のテーマに切り替えてから、元のテーマに切り替えなおしてみてください。

この切り替え時に、ページ機能用のテンプレートファイルが再生成されるようです。