SAKURAスタンダードプランにて

BaserCMS 1.6.13.6を新規インストールです。
SAKURAレンタルサーバスタンダードプランにて
通常通りインストールをするとCSSが効かない状態でインストール画面が表示されます。
環境別インストール対策のページの方法で強制的にスマートURLを有効にしてインストールする方法だと
正常に動作はしますが他のPHPプログラムの関係上、スマートURLを使用せずにインストールを行いたいのですが
過去ログも色々と確認を致しましたが動作致しましせん。どのような方法が適切でしょうか。
スマートURLを有効な状態でインストール後、システム設定でスマートURLをオフにすると
CSSが効かないページの表示となってしまいます。
元々はどこのフォルダにも.htaccessは使用しておりません。

おはようございます。

最近、SAKURAや、ヘテムルのPHPの設定が変更されたようです。

こちらの記事の内容を参考にしてみてください。

http://basercms.net/news/archives/111